Με την ηλεκτρονική κοινοποίηση των αποτελεσμάτων επαλήθευσης/πιστοποίησης στη δηλωθείσα στο ΟΠΣΚΕ διεύθυνση ηλεκτρονικού ταχυδρομείου, παρέχεται το δικαίωμα στους Δικαιούχους να ασκήσουν αντιρρήσεις. Ο τρόπος, καθώς και η αποκλειστική προθεσμία εντός της οποίας μπορεί να ασκηθεί το δικαίωμα αυτό, το όργανο εξέτασης, καθώς και η χρονική προθεσμία εντός της οποίας πρέπει να εκδίδεται θετική ή απορριπτική απόφαση, προσδιορίζονται στην Κοινή Υπουργική Απόφαση για το Σύστημα δημοσιονομικών διορθώσεων και τις διαδικασίες ανάκτησης αχρεωστήτως ή παρανόμως καταβληθέντων ποσών από πόρους του Κρατικού Προϋπολογισμού για την υλοποίηση Προγραμμάτων Συγχρηματοδοτούμενων του 2021-2027, σύμφωνα με το αρ. 42 του Ν. 4914/2022. όπως τροποποιείται και ισχύει κάθε φορά.
Ειδικότερα, ο δικαιούχος μπορεί, εντός αποκλειστικής προθεσμίας δέκα πέντε (15) ημερολογιακών ημερών από την επομένη της ηλεκτρονικής κοινοποίησης της έκθεσης, να υποβάλει τις αντιρρήσεις του ως προς την προτεινόμενη διόρθωση, ηλεκτρονικά μέσω ΟΠΣΚΕ, επισυνάπτοντας τα δικαιολογητικά που τεκμηριώνουν τα αναφερόμενα στις αντιρρήσεις κατά την κρίση του. Σε περίπτωση που η προθεσμία λήγει σε μη εργάσιμη ημέρα, αυτή παρατείνεται μέχρι την πρώτη εργάσιμη ημέρα.
Οι αντιρρήσεις υποβάλλονται ηλεκτρονικά στο ΟΠΣΚΕ και εξετάζονται από τον ΕΦΕΠΑΕ (ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ για την Περιφέρεια της Δυτικής Μακεδονίας και Διαχειριστική Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων για την Περιφέρεια Πελοποννήσου).