Σύμφωνα με την Αναλυτική Πρόσκληση της Δράσης (Κεφ.11. 4), εντός αποκλειστικής προθεσμίας δέκα πέντε (15) ημερολογιακών ημερών από τη γνωστοποίηση των αποτελεσμάτων της πιστοποίησης ο Ωφελούμενος της ενίσχυσης (επιχείρηση) μπορεί να υποβάλει αντιρρήσεις σχετικά με την ολική ή μερική απόρριψη του αιτήματος επαλήθευσης σύμφωνα με την με α.π. 126829 ΕΥΘΥ 1217(1) Κοινή Υπουργική Απόφαση (Β΄2784) «Σύστημα δημοσιονομικών διορθώσεων και διαδικασίες ανάκτησης αχρεωστήτως ή παρανόμως καταβληθέντων ποσών από πόρους του κρατικού προϋπολογισμού για την υλοποίηση προγραμμάτων συγχρηματοδοτούμενων στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2014-2020 σύμφωνα με το αρ. 22 του Ν.4314/2014» όπως τροποποιείται και ισχύει κάθε φορά.
Οι αντιρρήσεις υποβάλλονται με ηλεκτρονικό τρόπο εντός της αποκλειστικής προθεσμίας των δέκα πέντε (15) ημερολογιακών ημερών από την επομένη της λήψης της έκθεσης επαλήθευσης από τον ΕΦΕΠΑΕ/ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ (για τις Περιφέρειες της Κεντρικής και Δυτικής Μακεδονίας).
Η ηλεκτρονική υποβολή των αντιρρήσεων γίνεται στο ΠΣΚΕ με συμπλήρωση των σχετικών πεδίων του σημείου «ΑΝΤΙΡΡΗΣΕΙΣ». Ο τρόπος υποβολής των δικαιολογητικών είναι ίδιος με τον περιγραφόμενο στο Κεφάλαιο 9: «ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΑ ΥΠΟΒΟΛΗΣ ΑΙΤΗΣΗΣ ΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗΣ». Οι αντιρρήσεις εξετάζονται από τον ΕΦΕΠΑΕ και το αποτέλεσμα της εξέτασης αυτών κοινοποιείται με ηλεκτρονικό μήνυμα στους Ωφελούμενους από τον ΕΦΕΠΑΕ/ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ (για τις Περιφέρειες της Κεντρικής και Δυτικής Μακεδονίας).