Με την κοινοποίηση των αποτελεσμάτων επαλήθευσης/πιστοποίησης, παρέχεται το δικαίωμα στους ωφελούμενους της Δράσης να ασκήσουν αντιρρήσεις.
Ο τρόπος, καθώς και η αποκλειστική προθεσμία εντός της οποίας μπορεί να ασκηθεί το δικαίωμα αυτό, το όργανο εξέτασης καθώς και η χρονική προθεσμία εντός της οποίας πρέπει να εκδίδεται θετική ή απορριπτική απόφαση προσδιορίζονται στην Α.Π. Αριθμ. 126829 / EΥΘΥ 1217/21-12-2105 ΚΥΑ (ΦΕΚ Β 2784) με θέμα «ΣΥΣΤΗΜΑ ΔΗΜΟΣΙΟΝΟΜΙΚΩΝ ΔΙΟΡΘΩΣΕΩΝ ΚΑΙ ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΕΣ ΑΝΑΚΤΗΣΗΣ ΑΧΡΕΩΣΤΗΤΩΣ Ή ΠΑΡΑΝΟΜΩΣ ΚΑΤΑΒΛΗΘΕΝΤΩΝ ΠΟΣΩΝ ΑΠΟ ΠΟΡΟΥΣ ΤΟΥ ΚΡΑΤΙΚΟΥ ΠΡΟΫΠΟΛΟΓΙΣΜΟΥ ΓΙΑ ΤΗΝ ΥΛΟΠΟΙΗΣΗ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΩΝ ΣΥΓΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΟΥΜΕΝΩΝ ΣΤΟ ΠΛΑΙΣΙΟ ΤΟΥ ΕΣΠΑ 2014-2020, ΣΥΜΦΩΝΑ ΜΕ ΤΟ ΑΡ. 22 ΤΟΥ Ν. 4314/2014» όπως τροποποιείται και ισχύει κάθε φορά.
Ειδικότερα, ο ωφελούμενος της Δράσης δύναται να υποβάλει στον ΕΦΕΠΑΕ τις αντιρρήσεις του, εντός δεκαπέντε (15) ημερολογιακών ημερών από την παραλαβή από αυτόν της Έκθεσης Επαλήθευσης. Σημειώνεται ότι η προσκόμιση δικαιολογητικών εκταμίευσης εκ μέρους του ωφελούμενου της Δράσης μετά την παραλαβή κάθε Έκθεσης Επαλήθευσης και εντός της προαναφερόμενης προθεσμίας των δεκαπέντε (15) ημερολογιακών ημερών, συνιστά αποδοχή του συνόλου των αποτελεσμάτων κάθε Έκθεσης Επαλήθευσης.
Μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας υποβολής και εξέτασης αντιρρήσεων, επικαιροποιείται ή συμπληρώνεται, αν απαιτείται, η απόφαση έγκρισης των αποτελεσμάτων επαλήθευσης/ πιστοποίησης. Τα αποτελέσματα εξέτασης των αντιρρήσεων αποστέλλονται στους ωφελουμένους της Δράσης με ευθύνη του ΕΦΕΠΑΕ.
Στις περιπτώσεις των ενστάσεων που γίνονται αποδεκτές με την ως άνω απόφαση, τα έργα θεωρούνται ολοκληρωμένα και συμπεριλαμβάνονται στον κατάλογο των ολοκληρωμένων έργων. Στις περιπτώσεις των Ενστάσεων που απορρίπτονται και διαπιστώνεται η ανάγκη Επιστροφής της Ενίσχυσης εφαρμόζεται η Υπουργική Απόφαση περί της διαδικασίας επιβολής δημοσιονομικών διορθώσεων.