Σύμφωνα με την Αναλυτική Πρόσκληση της Δράσης ως ισχύει, ο λήπτης ενίσχυσης (επιχείρηση) δύναται, εντός αποκλειστικής προθεσμίας δέκα πέντε (15) ημερολογιακών ημερών από τη γνωστοποίηση των αποτελεσμάτων της επαλήθευσης-πιστοποίησης, να υποβάλει αντιρρήσεις σχετικά με την ολική ή μερική απόρριψη του αιτήματος επαλήθευσης σύμφωνα με την με α.π. 126829 ΕΥΘΥ 1217(1) Κοινή Υπουργική Απόφαση (Β΄2784) «Σύστημα δημοσιονομικών διορθώσεων και διαδικασίες ανάκτησης αχρεωστήτως ή παρανόμως καταβληθέντων ποσών από πόρους του κρατικού προϋπολογισμού για την υλοποίηση προγραμμάτων συγχρηματοδοτούμενων στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2014-2020 σύμφωνα με το αρ. 22 του Ν.4314/2014».
Οι αντιρρήσεις υποβάλλονται με ηλεκτρονικό τρόπο εντός της αποκλειστικής προθεσμίας των δέκα πέντε (15) ημερολογιακών ημερών από την επομένη της λήψης της σχετικής ηλεκτρονικής ενημέρωσης. Η ηλεκτρονική υποβολή των αντιρρήσεων γίνεται στο ΠΣΚΕ με συμπλήρωση των σχετικών πεδίων του σημείου «ΑΝΤΙΡΡΗΣΕΙΣ». Ο τρόπος υποβολής των δικαιολογητικών είναι ίδιος με τον περιγραφόμενο στο Κεφάλαιο 8: «ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΑ ΥΠΟΒΟΛΗΣ ΑΙΤΗΣΗΣ ΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗΣ».
Στις περιπτώσεις των αντιρρήσεων που γίνονται αποδεκτές με την ως άνω απόφαση, οι χορηγηθείσες ενισχύσεις θεωρούνται ορθές και οι επιχειρήσεις συμπεριλαμβάνονται στον κατάλογο των ωφελούμενων. Στις περιπτώσεις των αντιρρήσεων που απορρίπτονται και διαπιστώνεται η ανάγκη επιστροφής της ενίσχυσης εφαρμόζεται η με α.π. 126829 ΕΥΘΥ 1217(1) Κοινή Υπουργική Απόφαση (Β΄2784) «Σύστημα δημοσιονομικών διορθώσεων και διαδικασίες ανάκτησης αχρεωστήτως ή παρανόμως καταβληθέντων ποσών από πόρους του κρατικού προϋπολογισμού για την υλοποίηση προγραμμάτων συγχρηματοδοτούμενων στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2014-2020 σύμφωνα με το αρ. 22 του Ν.4314/2014».
Οι αντιρρήσεις εξετάζονται από τον ΕΦΕΠΑΕ (KEΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ για τις επιχειρήσεις των Περιφερειών της Κεντρικής και Δυτικής Μακεδονίας) και το αποτέλεσμα της εξέτασης αυτών κοινοποιείται με ηλεκτρονικό μήνυμα στους αιτούντες της ενίσχυσης από το Δικαιούχο του Προγράμματος (ΕΦΕΠΑΕ).