Σύμφωνα με την Αναλυτική Πρόσκληση της Δράσης ως ισχύει (Κεφ. 9) στις περιπτώσεις που το αποτέλεσμα της διοικητικής επαλήθευσης που διενεργεί ο ΕΦΕΠΑΕ είναι αρνητικό (λόγω μη πλήρωσης των τυπικών και ουσιαστικών προϋποθέσεων καταβολής της ενίσχυσης) και προκύπτει αναγκαιότητα επιστροφής της ενίσχυσης στο σύνολό της ή μερικώς ως αχρεωστήτως καταβληθείσας ο Δικαιούχος λήπτης της ενίσχυσης (επιχείρηση) δύναται βάσει των αποτελεσμάτων της διοικητικής επαλήθευσης να υποβάλει διοικητική ένσταση (ενδικοφανή προσφυγή με την έννοια του άρθρου ν. 25 του 2690/1999) σχετικά με την ολική ή μερική απόρριψη της Αίτησής του. Οι εν λόγω ενστάσεις υποβάλλονται αποκλειστικά με ηλεκτρονικό τρόπο εντός της αποκλειστικής προθεσμίας των πέντε (5) εργάσιμων ημερών από την επομένη της λήψης του ηλεκτρονικού μηνύματος που λαμβάνει ο ενδιαφερόμενος αυτόματα από την πλατφόρμα gov.gr στο email επικοινωνίας που έχει δηλώσει.
Η ηλεκτρονική υποβολή της ένστασης γίνεται στην πλατφόρμα gov.gr με συμπλήρωση των σχετικών πεδίων του σημείου «ΕΝΣΤΑΣΕΙΣ». Ο τρόπος υποβολής των δικαιολογητικών είναι ίδιος με τον περιγραφόμενο στο Κεφάλαιο 8 «ΔΙΚΑΙΟΛΟΓΗΤΙΚΑ ΚΑΙ ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΓΙΑ ΤΗΝ ΠΑΡΑΛΑΒΗ ΑΙΤΗΣΗΣ ΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗΣ».
Η εν λόγω κατηγορία ενστάσεων εξετάζεται από την αρμόδια Επιτροπή Ενστάσεων που συστήνεται με απόφαση του Υφυπουργού Ανάπτυξης και Επενδύσεων (αρμοδίου για Δημόσιες Επενδύσεις και ΕΣΠΑ) .Οι σχετικές αποφάσεις, με το αποτέλεσμα των ενστάσεων, θα πρέπει να δημοσιεύονται και να κοινοποιούνται με ηλεκτρονικό μήνυμα στους αιτούντες από το Δικαιούχο του Προγράμματος (ΕΦΕΠΑΕ).