Με την κοινοποίηση των αποτελεσμάτων επαλήθευσης, παρέχεται το δικαίωμα στους Δικαιούχους να ασκήσουν αντιρρήσεις. Ο τρόπος καθώς και η αποκλειστική προθεσμία εντός της οποίας μπορεί να ασκηθεί το δικαίωμα αυτό, το όργανο εξέτασης, καθώς και η χρονική προθεσμία εντός της οποίας πρέπει να εκδίδεται θετική ή απορριπτική απόφαση, προσδιορίζονται στην Α.Π. 126829 / EΥΘΥ 1217 / 21-12-2015 ΚΥΑ (ΦΕΚ Β 2784) με θέμα «ΣΥΣΤΗΜΑ ΔΗΜΟΣΙΟΝΟΜΙΚΩΝ ΔΙΟΡΘΩΣΕΩΝ ΚΑΙ ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΕΣ ΑΝΑΚΤΗΣΗΣ ΑΧΡΕΩΣΤΗΤΩΣ Ή ΠΑΡΑΝΟΜΩΣ ΚΑΤΑΒΛΗΘΕΝΤΩΝ ΠΟΣΩΝ ΑΠΟ ΠΟΡΟΥΣ ΤΟΥ ΚΡΑΤΙΚΟΥ ΠΡΟΫΠΟΛΟΓΙΣΜΟΥ ΓΙΑ ΤΗΝ ΥΛΟΠΟΙΗΣΗ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΩΝ ΣΥΓΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΟΥΜΕΝΩΝ ΣΤΟ ΠΛΑΙΣΙΟ ΤΟΥ ΕΣΠΑ 2014-2020, ΣΥΜΦΩΝΑ ΜΕ ΤΟ ΑΡ. 22 ΤΟΥ Ν. 4314/2014» όπως τροποποιείται και ισχύει κάθε φορά.
Στην περίπτωση που κατά την επαλήθευση διαπιστώνεται παρατυπία, αυτή αναφέρεται στη σχετική Έκθεση Επαλήθευσης που συμπληρώνεται από την ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ/ΕΦΕΠΑΕ με κατάλληλη τεκμηρίωση και αναφορά των διατάξεων που παραβιάστηκαν. Ο Δικαιούχος δύναται να υποβάλει στην ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΕΚ/ΕΦΕΠΑΕ εγγράφως τις αντιρρήσεις του, εντός δεκαπέντε (15) ημερολογιακών ημερών από την παραλαβή από αυτόν της Έκθεσης Επαλήθευσης.
Σημειώνεται ότι η προσκόμιση δικαιολογητικών εκταμίευσης εκ μέρους του Δικαιούχου μετά την παραλαβή κάθε Έκθεσης Επαλήθευσης και εντός της προαναφερόμενης προθεσμίας των δεκαπέντε (15) ημερολογιακών ημερών, συνιστά αποδοχή του συνόλου των αποτελεσμάτων κάθε Έκθεσης Επαλήθευσης.