Σύμφωνα με την Αναλυτική Πρόσκληση της Δράσης, ως ισχύει, με την κοινοποίηση των αποτελεσμάτων επαλήθευσης/πιστοποίησης, παρέχεται το δικαίωμα στους Δικαιούχους να ασκήσουν αντιρρήσεις. Ο τρόπος καθώς και η αποκλειστική προθεσμία εντός της οποίας μπορεί να ασκηθεί το δικαίωμα αυτό, το όργανο εξέτασης καθώς και η χρονική προθεσμία εντός της οποίας πρέπει να εκδίδεται θετική ή απορριπτική απόφαση προσδιορίζονται στην Α.Π. 126829 / EΥΘΥ 1217/21-12-2105 ΚΥΑ (ΦΕΚ Β 2784) με θέμα «ΣΥΣΤΗΜΑ ΔΗΜΟΣΙΟΝΟΜΙΚΩΝ ΔΙΟΡΘΩΣΕΩΝ ΚΑΙ ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΕΣ ΑΝΑΚΤΗΣΗΣ ΑΧΡΕΩΣΤΗΤΩΣ Ή ΠΑΡΑΝΟΜΩΣ ΚΑΤΑΒΛΗΘΕΝΤΩΝ ΠΟΣΩΝ ΑΠΟ ΠΟΡΟΥΣ ΤΟΥ ΚΡΑΤΙΚΟΥ ΠΡΟΫΠΟΛΟΓΙΣΜΟΥ ΓΙΑ ΤΗΝ ΥΛΟΠΟΙΗΣΗ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΩΝ ΣΥΓΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΟΥΜΕΝΩΝ ΣΤΟ ΠΛΑΙΣΙΟ ΤΟΥ ΕΣΠΑ 2014-2020, ΣΥΜΦΩΝΑ ΜΕ ΤΟ ΑΡ. 22 ΤΟΥ Ν. 4314/2014» όπως τροποποιείται και ισχύει κάθε φορά. Μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας υποβολής και εξέτασης αντιρρήσεων, επικαιροποιείται ή συμπληρώνεται, αν απαιτείται, η απόφαση έγκρισης των αποτελεσμάτων επαλήθευσης/πιστοποίησης.
Τα αποτελέσματα εξέτασης των αντιρρήσεων αποστέλλονται στους Δικαιούχους με ευθύνη του ΕΦ (ΕΦΕΠΑΕ/ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ).