- Πιστοποιήσεις
Η ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ έχοντας ως στόχο την παροχή υπηρεσιών υψηλού ποιοτικού management, τόσο στην εκάστοτε Αναθέτουσα Αρχή, όσο και στην επιχειρηματική και επιστημονική κοινότητα της χώρας εφαρμόζει σε όλη τη διάρκεια λειτουργίας της, ένα ολοκληρωμένο Σύστημα Διαχείρισης Ποιότητας (ΣΔΠ), το οποίο πρόσφατα πιστοποιήθηκε 
σύμφωνα με τις προδιαγραφές του διεθνούς προτύπου ISO 9001:2015, λαμβάνοντας υπόψη τις Εθνικές και Ευρωπαϊκές νομικές απαιτήσεις και κανονιστικές διατάξεις που διέπουν την λειτουργία του οργανισμού, σε όλες τις δραστηριότητες του, δηλαδή: Σχεδιασμός, Ανάπτυξη, Οργάνωση, Λειτουργία, Διαχείριση Προγραμμάτων.
Η πολιτική ποιότητας της εταιρείας είναι κατανοητή σε όλα τα επίπεδα οργάνωσης της ΚΕΠΑ-ΑΜΕΜ ΑΜΚΕ και ανασκοπείται ως προς την συνεχιζόμενη καταλληλότητά της.
Το πεδίο εφαρμογής της πιστοποίησης αφορά στην :
«Εφαρμογή και Διαχείριση Χρηματοδοτούμενων Προγραμμάτων με Προγραμματισμό Ενεργειών, Παρακολούθηση και Διαχείριση Έργου, Αξιολόγηση Υποβληθέντων Επενδυτικών Σχεδίων, Διαχείριση Συμβάσεων, Έλεγχο και Παραλαβή Φυσικού και Οικονομικού Αντικειμένου, Πληρωμές Τελικών Αποδεκτών, Εσωτερικό Έλεγχο, Ενημέρωση Διαχειριστικής Αρχής, Οικονομική Διαχείριση, Ηλεκτρονική Εφαρμογή Παρακολούθησης Έργων»
Όλα τα παραπάνω υποστηρίζονται από αντικειμενικούς και μετρήσιμους σκοπούς / στόχους, οι οποίοι στα πλαίσια της αρχής της διαρκούς βελτίωσης καθιερώνονται, ανασκοπούνται και επαναπροσδιορίζονται στα πλαίσια των Ανασκοπήσεων που διενεργεί η Διοίκηση του ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ.
Η ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ δεσμεύεται να τεκμηριώνει και να βελτιώνει το σύνολο των διεργασιών του ΣΔΠ, ώστε να παρέχει στους σποδέκτες των υπηρεσιών της (στελέχη, τελικούς αποδέκτες, δυνητικούς τελικούς αποδέκτες, επιχειρηματίες, επιστήμονες, δημόσιο και στην κοινωνία) υπηρεσίες υψηλής Ποιότητας και να υπηρετεί με τρόπο διαφανή και έγκυρο τον ιδιαίτερης βαρύτητας ρόλο της.
Επίσης, ο Φορέας τηρεί μέσω ηλεκτρονικής πλατφόρμας, Ερωτηματολόγιο ικανοποίησης Δικαιούχου, το οποίο συμπληρώνεται μετά την παραλαβή του έργου κάθε Δικαιούχου. Τα στατιστικά στοιχεία που εξάγονται από την επεξεργασία των ερωτηματολογίων δημοσιοποιούνται στην ιστοσελίδα της ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ.