Η δομή και η οργάνωση της ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ (μετενομασία, δ.τ ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ) χαρακτηρίζονται από ευελιξία και υψηλής ποιότητας management προκειμένου η εταιρεία να επιτυγχάνει τους στόχους της με ταχύτητα, αποτελεσματικότητα και αξιοπιστία.
Η εταιρεία διαθέτει τη δική της ιστοσελίδα, www.kepa-anem.gr και www.e-kepa.gr , ενώ εφαρμόζει υψηλού επιπέδου ποιοτικό Management που αποτυπώνεται στην εφαρμογή πιστοποιημένου Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας σύμφωνα με το πρότυπο ISO 9001:2015
Τα όργανα της εταιρείας είναι η Γενική Συνέλευση των εταίρων και η Διοικητική Επιτροπή η οποία έχει την ευθύνη διοίκησης της εταιρείας.
Η Διοικητική Επιτροπή είναι επταμελής και σε αυτήν συμμετέχουν τέσσερα μέλη από το ΚΕΠΑ και τρία μέλη από την ΑΝΕΜ.
Της Διοικητικής Επιτροπής προεδρεύει ο Πρόεδρος της ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ ο οποίος εκλέγεται κάθε τέσσερα χρόνια, όπως και ο Αντιπρόεδρος της εταιρείας σύμφωνα με το καταστατικό της.
Ο Γενικός Διευθυντής της εταιρείας διορίζεται από την Διοικούσα Επιτροπή και προϊσταται των Διοικητικών Υπηρεσιών και της Διαχείρισης των Προγραμμάτων που αναλαμβάνει η ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ.
Επιπρόσθετα, για την τήρηση των διαδικασιών διοίκησης (προμήθειες, αγορές, υποχρεώσεις εργαζομένων) της ΚΕΠΑ-ΑΝΕΜ ΑΜΚΕ τηρούνται βάσει του ΣΔΠ έντυπα και κανονισμοί όπως :